由於原料不同，培養基的使用要求也不同，儲存和貯藏也略有不同。一般培養基經、加熱吸濕後，容易被細菌汙染或分解。因此，普通培養基得要保存在防潮的、陰涼處，遠離光線、。一些需要嚴格滅菌的培養基(如組織培養基)得要在3-6的冰箱中長期保存。由於液體培養基不易長時間保存，所以改為粉末。

當培養基中的營養濃度合適時，微生物可以很好地生長。當營養濃度過低時，不能滿足微生物正常生長的需要。當濃度過高時，可能會阻止微生物的生長。比如高濃度的糖、無機鹽、重金屬離子不能維持和促進微生物的生長，而是起到抗菌或殺菌的作用。

因此，培養基要經過驗證的滅菌程序進行滅菌，培養基的滅菌方法和前提要經過無菌試驗和促生長試驗驗證。溫度緩慢上升的高壓釜可能會導致培養基過熱，過度滅菌可能會破壞大多數細菌和真菌培養基的促生質量。如果培養基加熱和滅菌不當，可能會導致顏色變化、透明度降低、瓊脂凝固力或酸堿度變化。滅菌器中培養基的體積和裝載方式也會影響加熱速度。因此，滅菌程序的各個方麵都要根據滅菌介質的特性進行驗證。此外，保證了一定加載方式下的正常熱量分布。

製成平板或包裝在試管中的培養基應進行如下檢查：容器和蓋子不應破裂，裝量應相同，盡量避免氣泡，固體培養基表麵不應產生裂紋或波紋，冷藏溫度下不應形成晶體，微生物不應受到汙染等。檢查並記錄批號、有效期和培養基無菌檢查。