選擇合適的營養物質所有微生物都需要培養基含有碳源、氮源、無機鹽、生長因子、水和能量。但由於微生物營養種類複雜，不同的微生物對營養物質的要求也不同，因此首先要根據不同微生物的營養需求，配製針對性的培養基。自養微生物可以合成糖類、脂類、蛋白質、核酸、維生素等複雜的有機物質。它們需要簡單的有機物質，因此自養微生物的培養基可以(或應該)由簡單的無機物質組成。

MS培養基中含有大量的元素、微量元素和有機物，有機物包括甘氨酸、維生素B1、維生素B2、煙酸、肌醇、蔗糖、瓊脂等。尤其是植物生長調節物質如生長素和細胞分裂素，並且微生物培養基不含植物激素。MS培養基含有氨基酸如甘氨酸、碳源如蔗糖、維生素B1和維生素B6。並非所有的氨基酸都存在於微生物培養基中，有些微生物在生長發育過程中可以自行合成，可以省略。有些微生物合成能力有限，可以添加更多的氨基酸。

MS培養基中有大量的無機鹽，微生物培養基需要更多的有機物。而且大部分微生物培養基都具有選擇功能，N/C源中可能隻有一種MS培養基，在應用中需要頻繁更換，不使用微生物培養基。

在培養基中加入還原物質如抗壞血酸、硫化氫、半胱氨酸、穀胱甘肽和二硫蘇糖醇可以降低F值。根據對環境微生物細胞結構的分析，環境微生物所需要的營養元素之間的關係是：水& gt碳源能源。氮源>;p/s  >。k/mg>。生長因子。

培養基中營養物質的濃度比也直接影響環境微生物的生長繁殖和代謝產物的形成積累，其中C/N比影響較大。